Se o valor do seu elemento está na tela, basta você passar como parâmetro para a sua função JavaScript. Por exemplo:
function xpto(element) {
var arrayJS = new Array(<%
for(int i = 0; i < element.value; i++) {
out.print("\""+javaArray[i]+"\"");
if(i+1 < javaArray.length) {
out.print(",");
}
}
%>)
}
<h:inputText value="#{siteMB.listarTodos.size()}" onchange="xpto(this)"/>
No seu caso, acredito que seria mais fácil apenas colocar esse valor na tela, e passá-lo como parâmetro (se for somente o tamanho da lista que queres passar).
Mas caso esteja somente no servidor e é uma quantidade maior de dados uma boa forma de fazer seria efetuando uma chamada Ajax ao servidor para que possamos recuperar um determinado valor.
Existem diversas formas de você fazer isso. Eu recomendo que você use um webservice passando os dados no formato JSON. Dessa forma fica fácil recuperá-los no seu código javascript.
Basicamente teu servidor vai disponibilizar uma URL que vai ter os dados em JSON, e teu javascript vai pegar essa URL e recuperar esses dados para que você possa usá-los dentro da sua função javascript. Com jQuery fica bem simples de fazer isso.
Segue uns exemplos pra você dar uma olhada:
