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Duvidas, que não consigo tirar sobre POO (Java)

Desde que comecei aprender java, tenho duvidas interminaveis em minha mente em relação a POO, já criei algumas aplicações, certas até relativamente grandes, aplicativos para android, entre outros. Mas, embora seja capaz de fazer isso não consigo "passar de nivel" e começar a desenvolver aplicações mais robustas devido ao fato de que não consigo entender alguns conceitos de POO, ou seja o 'CORE', ou essência do paradigma, algumas duvidas que tenho:

EX:

Com relação a atributos: Sempre sou informado de que devo manter todos atributos como PRIVATE, assim estaria seguindo estritamente os conceitos de OO, e ai que entre o conceito de herança. Tenho em mente que ao extender uma classe, incorporo todos os atributos e metodos de minhas subclasses, então qual é a lógica de se ter o modificador 'protected' (Visivel apenas para as subclasses) por que com o conceito de herança, já não sou capaz de realizar operações com os atributos das classes pai sem precisar mudar o modificador de acesso? Já que penso que é como se estivesse na propria classe.

Bem, isso foi apenas um exemplo para a pergunta que faço a seguir.

Afinal, qual a diferença que atrapalha tanto ficar CRAQUE em OO, ou seja, ser capaz e ter a mesma confiança e naturalidade ao escrever um codigo, saindo de maneira fluída? Similar à Programação estruturada, e se possivel, se vocês podessem recomendar algum material que explique toda essa comonicação e relação entre objetos, desde o criados por a propria pessoa, ate as proprias da linguagem, Agradeço muito quem poder tirar essas duvidas!!!

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