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Verificação de diretórios conforme filefilter usando while ou do/while

Preciso fazer uma mudança e estou com algumas dúvidas, um resumo da parte que eu preciso mudar seria algo assim:

            FileFilter filter = new FileFilter() {
                public boolean accept(File file) {
                    return file.getName().toUpperCase().startsWith("PEDIDO") && file.getName().toUpperCase().endsWith(".XLS");
                }
            };

            File dir = new File("C:\\DiretorioPrincipal");
            File[] files = dir.listFiles(filter);

            if (files.length == 0) {
               // código
            } else {
                for (File file : files) {
                    // código
                }
            }

dentro do for são lidas as células de um arquivo .xls e gravadas em um banco de dados, depois o arquivo é renomeado e transferido de pasta, porém quando tem muitos arquivos no "DiretorioPrincipal", apenas em 2 ou 3 realmente são feitas as ações necessárias, eu queria adaptar esse código pra usar um while ou do/while pra ficar verificando o diretório enquanto tivesse arquivos conforme o filtro, mas preciso de algumas dicas para isso.

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