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O acoplamento dos módulos de um programa deve ser feito na GUI?

Pessoal, desculpem a pergunta meio boba, mas eu gostaria de contar com a experiência de vocês. Minha dúvida é relacionada mais a falta de experiência com programação profissional. Eu sempre tento aplicar as melhores práticas dai me surgiu esta dúvida. Toda vez que faço um programa, a maior parte dos meus códigos "acontecem" na GUI. Por mais que eu crie outras classes desacopladas, eu sempre instancio as mesma na GUI e também é aonde os métodos são chamados. vocês fazem do mesmo jeito ou tem alguma melhor prática? talvez no método main ? Eu fico na dúvida pois quando penso em GUI só consigo deduzir que a sua função é apenas criar os componentes gráficos. Obrigado pessoal!

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